Семинар 11 октября 2012

Основная страница семинара: http://www.biophys.msu.ru/rus/science/complex_systems/seminar/
На этом форуме Вы можете задать вопрос о работе семинара или оставить заявку на участие.
Связаться с секретарём семинара Вы можете также по электронной почте mathbio@biophys.msu.ru.

Семинар 11 октября 2012

Сообщение styx » 09 окт 2012 15:42

Дорогие коллеги!

Наш семинар продолжает работу.

11 октября в 11.00 состоится доклад Майи Полищук
(Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН)

"Исследование механизмов регуляции транскрипции и сплайсинга с
использованием вычислительных методов анализа структур ДНК и РНК
"

Аннотация:

Базовым механизмом регуляции транскрипции и регуляции альтернативного
сплайсинга является связывание регуляторных белков с определенными
участками последовательности нуклеиновых кислот. Локализация и
структура соответствующих участков ДНК и РНК во многом определяет
процессы транскрипции и сплайсинга. Такие участки называют
регуляторными элементами. Их обнаружение в геноме является актуальной
задачей аннотации генома и необходимо для достижения прогресса в
понимании того как происходит развитие живых организмов, а также для
диагностики и лечения генетических заболеваний. Характерной
особенностью регуляторных элементов является наличие большого
количества повторов сайтов связывания белков-регуляторов (кластеров
сайтов связывания) по сравнению с другими участками ДНК или РНК.
Востребованность вычислительных методов обработки экспериментальных
данных растет с появлением новых высокопроизводительных
экспериментальных методов секвенирования и с ростом количества и
качества экспериментальных данных по взаимному узнаванию участков
нуклеиновых кислот и белков.
В работе был предложен вычислительный метод описания статистики длин
последовательных наборов сайтов фиксированного порядка кумулятивным
отрицательным биномиальным распределением для задачи идентификации
регуляторных элементов, перенасыщенных сайтами связывания
белков-регуляторов альтернативного сплайсинга или сайтами связывания
факторов регуляции транскрипции. Разработан быстрый алгоритм и
реализована программа для эффективного полногеномного предсказания
регуляторных элементов. Также предложены подходы для совместного
изучения предсказанных вычислительными методами регуляторных
элементов, экспериментально выявленных участков взаимодействия белков
с нуклеиновыми кислотами (определенными последовательностями
нуклеотидов), и других аннотированных участков генома.
Разработанный метод и предложенные подходы были успешно апробированы
на данных результатов экспериментов по регуляции транскрипции генома
D. melanogaster и на геноме человека и применены к данным по регуляции
альтернативного сплайсинга в генах D. melanogaster. Для шести
белков-регуляторов транскрипции раннего эмбрионального развития
D. melanogaster были идентифицированы кластеры сайтов связывания,
предсказаны местоположения, структуры регуляторных элементов и
функционально-связанные регуляторные факторы. Впервые для
РНК-связывающего белка Pasilla, который, как показывают новейшие
эксперименты, участвует в регуляции альтернативного сплайсинга у
D. melanogaster, были предсказаны регуляторные элементы, при связывании
с которыми белок Pasilla, как считает ряд исследователей, регулирует
альтернативный сплайсинг. Был проведен анализ локализации этих
элементов по отношению ко всем аннотированным на сегодняшний день
экзонам, а также по отношению к экзонам альтернативно сплайсируемым с
участием белка Pasilla (последние определены экспериментально).
Показано, что экзонно-интронные границы генов D. melanogaster
статистически достоверно более часто встречаются в кластерах сайтов
связывания белка Pasilla, причем донорные сайты сплайсинга встречаются
в два раза чаще, чем акцепторные. Интересно, что такая картина
наблюдалась как для альтернативных экзонов, так и для тех, которые
аннотированы как неизменные. Продемонстрировано сходство распределений
сайтов связывания белка Pasilla в окрестностях экзонно-интронных
границ всех альтернативных и неизменных экзонов в донорных сайтах (как
для всех аннотированных экзонов, так и для тех, которые подверглись
влиянию Pasilla в эксперименте) и очевидное различие распределений в
окрестностях акцепторных сайтов альтернативных и неизменных экзонов.
Таким образом, идентификация in silico участков распознавания
РНК-связывающих белков и предложенный подход к анализу данных может
быть эффективно использован для предсказания регуляторных элементов,
альтернативного характера экзонов и местоположения новых, еще
неаннотировнных экзонов, ранее не обнаруженных в экспериментальных
исследованиях.

Семинары проходят на каф. биофизики по четвергам в 11:00, ауд. 123
(компьютерный класс).

Ждем всех!

С наилучшими пожеланиями,
Александра Дьяконова,
Галина Юрьевна Ризниченко
styx
Site Admin
 
Сообщений: 115
Зарегистрирован: 06 фев 2007 15:36
Полное имя: Сергей Хрущёв

Вернуться в Семинар сектора информатики и биофизики сложных систем

cron